A katalógusok alapján az OR-ZSE Kéziratgyűjteményébe közel 400 kötetnyi régi héber kötetes kézirat, továbbá többszáz egységnyi kézirathagyaték tartozik a magyarországi zsidó tudományosság jelentős képviselőinek, a néhai Rabbiképző professzorainak és neves magyarországi rabbik hagyatékából, mint például Bacher Vilmos, Löw Immánuel, Blau Lajos, Heller Bernát kéziratai. Könyvtárunkban található Kaufmann Dávid (1852-1899), a Rabbiképző néhai professzorának és első könyvtárosának gyűjtései nyomán a 15. századi héber ősnyomtatványok néhány felbecsülhetetlen értékű példánya és több száz 16-17. századi régi könyv. Kaufmann Dávid a legrégebbi héber kéziratokat és régikönyveket Lelio Della Torre, a padovai Rabbiképző professzorának hagyatékából vásárolta 1877-ben az akkor alapított Budapesti Rabbiképző Intézet számára. Ez jelenti Könyvtárunk legkorábbi alapgyűjteményét.
Kézirataink adatai és digitalizált felvételei az Izraeli Nemzeti Könyvtár adatbázisában (Ktiv) érhetők el, amelyek az állomány korábbi mikrofilmfelvételei alapján készültek. A kereséséhez a BUD. SEM. jelzet-rövidítést szükséges beírni a keresőmezőbe.
A régi-ritka kéziratok és könyvek mellett Gyűjteményünk kiemelten értékes két különgyűjteménye, a magyarországi és európai zsidóság társadalomtörténetének gazdag forrását jelentő Kisnyomtatványgyűjtemény, továbbá Magyarország második legteljesebb zsidó folyóirat-gyűjteménye (az Országos Széchényi Könyvtár gyűjteményét követően), mindkét állományrész számos unikális példányt tartalmaz.